Tercera División 2020-21, con La Palma CF y el CD San Roque de Lepe como referentes onubenses, se desarrollará en tres fases: la primera hace referencia a una competición regular por puntos, la segunda abarcará la lucha por acceder a la fase de ascensos o la permanencia, y la última hace referencia a las eliminatorias (playoff) para subir a Segunda B.
En la fase de liga regular los subgrupos jugarían entre 18 y 22 jornadas, todos ellos a doble vuelta. Los clasificados entres los tres primeros accederían a la lucha por el ascenso a 2B, los anclados entre el cuarto y sexto escalafón (salvados matemáticamente) pugnarían por hacerse con un puesto en los playoff de ascenso, y los clasificados entre la séptima y última posición jugarían por salvar la categoría. Así mismo, los goles obtenidos (a favor y en contra) en la primera fase se acumularían para el resto de la competición.
Conforme los ascensos directos, subirían de categoría los dos primeros clasificados entre los tres primeros de cada subgrupos, mientras que los restantes tendrían una nueva oportunidad para ascender en los playoff de ascenso. Por otro lado, los clasificados entre el cuarto y sexto escalafón de cada subgrupo jugarían entre ellos y los dos primeros pasarían a la fase final por el ascenso.
Los que no habrían sido capaces de terminar en estas dos primeras posiciones quedarían salvados. Por último, en la fase de permanencia (clubes entre la séptima y última posición de ambos subgrupos) se medirían todos los planteles a diez o doce jornadas (depende del número de equipos), quedando salvados los cuatro primeros clasificados, el resto descenderían a División de Honor.
Los playoff de ascenso sería la última pincelada de la campaña y se desarrollaría mediante sistema de eliminatorias a partido único. El ascenso a Segunda B sería únicamente para el primer clasificado.
